南沙港区经过十余年发展,已形成包括海关、国家进出口检验检疫局(简称国检)、海事、边检、集中查验中心、南沙国际物流园区在内口岸单位。随着自贸区的挂牌成立,南沙港区积极参与广州国际航运中心建设,南沙口岸联检部门相继出台快速通关便利措施,南沙港区口岸通关环境日益得到改善。
    2007年10月,南沙海事处正式成立,是广东海事局最年轻的海事处。南沙海事处内设有办公室、监管科和执法大队,下设大虎、南沙港区、横沥、蕉门四个办事处。
    2008年8月南沙出入境边防检查站正式成立,隶属于广州出入境边防检查总站,主要担负南沙港区一、二期码头10个泊位,以及中船龙穴修船基地临时对外开放码头4个泊位和2个船坞的出入境边防检查任务。 2014年11月1日,南沙边检站接管原番禺边检站南沙辖区的其他口岸,至此,南沙边检站业务范围扩大到整个南沙辖区。
    2008年10月18日,南沙国际物流园获国务院批准设立,并于2009年7月9日顺利通过国家11个部委联合验收,成为广东省首个通过国家联合验收组验收的保税港区。广州南沙保税港区已于2009年8月31日开始封关运作。 随着2015年4月南沙自贸区挂牌成立,南沙国际物流园也迎来新的发展契机,目前保税仓储、跨境电商等业务迅速发展。
    2009年1月20日,南沙出入境检验检疫局正式成立,龙穴岛办事处下设综合科、检务科、监管科、船检科、市场采购出口商品监管科共5个科室。
    同年3月,经国务院和海关总署批准南沙海关正式成立,业务管辖范围为广州市南沙区,南沙港区设有4个科室(审单科、查验科、物流监管科、保税业务科,其中物流监控科为原物流监控科、船管科合并) 。
    随着口岸单位的日渐完善,广州港南沙港区集中查验中心肩负起海关、国检、边检、海事对南沙港区货物、船舶、人员统一检验查验的场所,中心由广州港集团货运有限公司统一管理,占地面积17.3万平方米。
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